YOL-16.06.2019

                                      

Dar sokakları olan bir şehirde yürüyordu. Rutubet kokusuna bile alışmıştı. Tekdüzeliğin getirdiği kine, hırsa, bencilliğe...hepsine alışmıştı. Ne zaman bu alıştıkları üzerine sinse doğaya sığınmıştı. Sanki kuş cıvıltıları ya da kertenkelenin sürünürken çıkardığı ses tüm şehrin gürültüsünü emiyordu ve tekrar baştan... Gürültüde kaybolmak. Dahası gürültüye dönüşmek. İşte bundan korkuyordu daha büyük korkusu korkulanın kapıda bekleyeceği bilinciydi. Doğanın kanunuydu. Kaçan kovalanırdı. Belki de bu yüzden her seferinde arkasına dönüp korkularıyla dans etmişti. Aslında dans etmeyi seviyordu da, bilmediği bir şarkıda ritmin getirdiği tüm yenilikleri kendi ruhunda görmek onu büsbütün heyecanlandırırdı. Bilinmezliğe olan hayranlığı kadar bilinenin rahatlığına özlem duyardı. 

Hızlandı. Bu sokakların sonunda bir deniz olmalıydı. Şimdilerde durulmuş yavaş yavaş kıyıya vuran sonra tekrar merkezine dönen dalgaları... evet buralarda bir yerlerde. Daha önce de yol almıştı bu kaldırımda. Her şey tanıdıktı. Yürüdüğü yolu tekrar yürümekten, okuduğu kitabı tekrar okumaktan ya da izlediği filmi tekrar...tekrar tekrar, bunu sevmiyordu. Bu kadar hızlıyken sevmiyordu. Bilinmeyenleri düşündükçe hızını arttırdı. Adımları betondan tozlar çıkarmaya başlamış, etraftaki görüntüler bulanıklaşmış... bilindik bir bilinmezliğe doğru ilerliyordu. Sesler boğuktu. Öyle uzaktan geliyor ve öyle fazlaydı ki... önemsemedi. Önemseyemiyordu, neden hızlandığını bile unutmuştu. Adımları düzensizleşmiş, saçları kendi rüzgarında dalgalanıyordu. Elbisesinin fileleri takılıyor, yırtılıyor... önemsemiyordu, belki de farkında değildi.

Durmuştu.  Yerdeydi. Sersemlemişti. Bedeni, şehrin betonunda artık daha fazla yer kaplıyordu. Bu...rahatsız ediciydi. Başı dönüyor, hafif midesi bulanıyordu; tansiyonu düşmüş olmalıydı. Elini başına götürdü, kanın sıcaklığını hissetti. Duvara çarpmış olduğunu farketti, çıkmaz sokağa girmiş olmalıydı. Geriye dönüp yürümek için kalktı. Hayır çıkmaz değildi sokak, hızından sola dönen yolu görememiş hatta önünü görememişti.

Sola döndü. Adımları artık kaldırımı dövmüyordu. Renkler belirginleşmiş, çocuk sesleri duyulmaya başlamıştı. Gülümsedi. Yürüdüğü yolları düşündü, tanıdığı insanları, fikirleri... Bir çok hayat tanımıştı. Zihninde rengarenk bir dünya oluşmuş, cümbüşe dönüşmüştü. Gözlerini yerden kaldırıp denizi gördüğünde heyecanlanmadı bile. Aslolan yolun kendisiydi, tekrar gülümsedi. Ah' bu yolu gerçekten seviyordu :)

QS-QQ-2017-2018

QUORUM SENSİNG VE QUORUM QUENCHİNG

BAKTERİLERİNDİLİ : QUORUM SENSING

İnsan genomu yaklaşık olarak30.000 adet gene sahipken bu sayının 100 katı kadar daha fazla mikroorganizma ve bunların genomlarını barındırır (1). Bu da akıllara “İnsan sadece akıllı bir bakteri midir?” sorusunu getirmektedir.Bununla beraber bakteri hücrelerinin hacim olarak insan vücudunda çok az yer kapladığı düşünüldüğünde bakteriler, insan vücudunda simbiyotik yaşama sahip canlılar olarak incelenmektedir. Bu simbiyotik yaşamın mutual, kommensal veya parazitik olabilmesi “Bakteriler dost mu, düşman mı?’’ sorusunu doğurmuştur. İnsanoğlu, türünü koruyabilmek için bu soruya cevap bulmak ve yarar-zarar kontrolünü sağlamakadına çalışmalar yürütmektedir. Peki insan vücudunu %90-99 oranla kaplayan bu mikroskobik, tek hücreli ilkel canlılarvücudumuz üzerinde etkilerini nasıl gerçekleştirir?

Bakteriler, toplu etkilerini quorumsensing(QS) denen bir iletişim mekanizmasıyla gerçekleştirir. QS mekanizması; hücreninbulunduğu ortamdaki diğer hücrelerin yoğunluğunu türe göre değişen farklı sinyal moleküllerini sentezleyerek öğrenmesi, böylece cevap olarak gen ekspresyonunu popülasyon düzeyinde kontrol ederek türe özgü davranışlar sergilemesi olarak tanımlanabilir (2). Terim olarak bakıldığında quorum salt çoğunluk, sense ise hissetmek anlamlarına gelmekte ve çoğunluğu algılama sistemi olarak bilinmektedir (3). Bu mekanizma bize bakterilerin debirbiriyle iletişim kurduğunu göstermiş ve uzun yıllar boyunca tek ve çok hücreli organizmalar arasındaki önemli bir fark olarak bilinen hücreler arası iletişim konusuna yeni bir kapı açmıştır.

İlk quorumsensing incelemeleri 1960’lı yıllarda bakteriler üzerinde yapılmıştır. Başlangıçta sadece bakteriler için konuşulan bu mekanizmanın araştırmalar sonucu aynı türe ait bakteriler ve farklı bakteri türleri arasında olmakla birlikte prokaryot bir canlı ile ökaryot konağı arasında da görüldüğü tespit edilmiştir(1).

Quorumsensingmekanizması hücre konsantrasyonunun eşik değerine ulaşmasıyla aktifleşir ve bakterinin gerçekleştirmek için beklediği davranışa izin verir. Bu olayı mümkün kılan insanlar arası iletişimde sözcük, mikroorganizmaların dilinde otoindükleyici olarak bilinen küçük sinyal molekülleridir(4).Bu moleküller bakteride bulunan enzimler tarafından üretilir ve ortama serbest bırakılır.Bakterinin hücre yüzeyindeki bir reseptör,bu moleküllerle anahtar kilit uyumu sağlar. Molekülün miktarı çoğalan bakteri sayısına paralel olarak artarak istenilen sayıya ulaştığında, reseptöre kilitlenir ve böylece davranışın başlaması için sinyal verilmiş olur(1).Bazı mikroorganizmalar farklı QS sinyal molekülünü kullanabilirken bu moleküllerinin verdiği cevaplar da bir dildekikelimelerin farklı anlamlar taşıması gibi farklı olmaktadır (5).

Yukarıda bahsedildiği gibi mikroorganizma türleri kendilerine özgü farklı sinyal moleküllerinikullanır. Bakterilerde bu mekanizma 3 şekildegörülüyor:

1-       LuxI/LuxR sistemi (Gram negatif bakterilerde)

2-       Oligopeptit sistemi (Grampozitif  bakterilerde)

3-       Hibrit sistemi (Gramnegatif ve gram pozitif bakterilerde ortak)

Gram negatif bakterilerde kullanılan sistem en iyi bilinen ve anlaşılan mekanizmadır. Bu sistem; LuxI tipi enzimlerin sentezlediği otoindükleyiciler olan N-açilhomoserinlakton(AHL) difüzyonla ortama yayılıp popülasyon yoğunluğunun artmasıyla birikip yine difüzyonla hücre içine alınarak LuxR proteinine bağlanmasıyla gerçekleşir. Bu bağlanma sonucu oluşan kompleks, hedef genin transkripsiyonuna olanak sağlayarak istenilen davranışın gerçekleşmesinde rol oynayan genleri aktive etmekle birlikte daha fazla AHL sinyal molekülü oluşması için LuxIproteininin üretilmesini sağlayan genleri de aktive ederek devamlılığı sağlamaktadır (6).

Gram pozitifbakterilerin sisteminde ise iki önemli özellik vardır. Bunlardan biri önce propeptid olarak sentezlenen, 8-9 aminoasitten oluşan kısa peptid zincirlerinin sentezlenmesidir. Sinyal molekülü olarak görev alan bu zincirler özel enzimler ile kesilir ve türe özgü modifikasyonlara uğratılıpATP-bindingcasette (ABC) taşıyıcı kompleksi ile hücre dışına salınır. Diğer önemli özellik ise “iki bileşenli algılama sistemi” olarak adlandırılan sinyal moleküllerininalgılanma mekanizmasıdır (7).

Hibrit sistem iseAHL sinyal moleküllerini kullanarak LuxI/LuxR sistemine, sinyal moleküllerinin hücre zarından algılanmasıyla da oligopeptid sistemine benzeyen ve türler arası iletişimi sağlayan her iki bakteri çeşidinde de görülen ortak bir QS mekanizmasıdır(1).

QS molekülleri ile bakterilerde üreme, beslenme, spor oluşturma, antibiyotiklere karşı direnç geliştirme, biyofilm oluşumu, virülans, simbiyozis gibi birçok davranış kontrol edilmektedir(6). Tıp alanının yanında bu mekanizma; başta moleküler biyoloji olmak üzere biyoteknoloji, ziraat ve botanik, gıda, veterinerlik, farmakoloji ve endüstriyel mikrobiyoloji alanlarında da araştırma konusudur(1).

Araştırmacılar tarafından öne sürülen önemli bir hipotez de bakterilerdeki QS sisteminin tek hücrelilikten çok hücreliliğe geçişte atılan ilk adımlardan birisi olmasıdır (8). Yaşamı birçok yönde doğrudan etkileyen aktivitelerin kontrolünü sağlayan bu sistem üzerinde yapılan araştırmalarla ve sistemin moleküler düzeyde aydınlatılmasıyla aktiviteleri gerçekleştiren ilgili organizmalara karşı daha etkili stratejilerin geliştirilmesiamaçlanmaktadır (9).QS mekanizmasının iyi anlaşılması,canlıların florasında yaşayan yararlı bakterilerin faydalarını pekiştirip patojen bakterilere karşı bu mekanizmayı kullanarak önlem almamızı kolaylaştıracaktır. Bu anlamda mikroorganizmaların sinyal odaklı iletişim mekanizmasına sahip olması olarak tanımlanan QS, bilim dünyasında gün geçtikçe daha elzem bir çalışma alanı haline gelmiştir.Bu çalışmaların başını yeni bir tedavi olmayı vaadedenquorumquenching çekmektedir.

QUORUM QUENCHING

Quorumquenching(QQ) mikroorganizmalardaki QS mekanizmasına müdahale ederek patojeniteyi kontrol altında tutmayı hedefler. Peki QQ mekanizması nasıl işler? QQ ile ilgili araştırmalar; QS molekül üretiminin önlenmesi, QS molekülünün degredasyonu veya inhibisyonu ve QS sinyal alımının önlenmesi olmak üzere temel olarak üç strateji etrafında toplandığını göstermiştir.

QQ çalışmalarında en bilinen yöntem QS mekanizmasının yıkıma uğramasıdır. Bu yöntem QS molekülünün degredasyonu veya ihibisyonuylagerçekleşir (10). Prokaryotların QS mekanizması üzerinde etkili olduğu keşfedilen ökaryotik mekanizmalar mevcuttur. Doğada bazı bitki, mantar ve alglerin bu sistemi kullanarak floralarında bulunan bakteri yoğunluğunu kontrol altında tuttuğu biliniyor. Deliseapulchra’nınhalojenlifuranonları ve bunların sentetik analoglarının Serratialiquefaciens’in QS mekanizması üzerine inhibitör etkili olduğu gösterilmiştir. İnhibisyon, furanonların bakteriler tarafından hücre içine alındıktan sonra luxR tipi proteinlere bağlanıp bu proteinlerin parçalanmasıyla gerçekleşir. Bu strateji QS kontrollü virülans genlerin ekspresyonu, antibiyotik üretimi, motilite ve biyofilmlerin güçlü ve spesifik bir şekilde inhibe edilmesini kapsar. QQ mekanizmasında etkili olan furanonların AHL dışında tıp bilimini yakından ilgilendiren Escherichiacoli ve Salmonella gibi enterik bakterilerin QS mekanizmasında bulunan otoindüser 2(AI2) sinyal molekülü üzerinde de inhibe edici etkisi gösterilmiştir (11,12). Bu çalışma bazı ökaryotik canlıların furanon gibi sinyal molekülü(AHL) benzeri yapıların QS ihbisyonuna sebep olduğunu göstermiştir. Bu benzer yapılara QQ mimikleri denmektedir. QQ mimikleri dışında QS inhibisyonunu sağlayan ve hem prokaryotlar hem de ökaryotlarda bulunan QQ enzimleri keşfedilmiştir.

Sonuç olarak birçok mikroorganizma türü sinyal molekülleri sayesinde sosyal bir davranış sergileyebilmektedir. Sahip oldukları QS mekanizması onların belirli bir çoğunluğa ulaştıktan sonra bunu hissetmeleri, yeterli çoğunluğa ulaştıklarında da virülans faktörlerinin üretimi gibi kritik gen ekspresyonlarını uyarmaktadır. Böylece konağın immün sistemi zamanından önce uyarılmaz ve bakteri başarılı bir enfeksiyon süreci geçirir. Bu süreci sekteye uğratabilecek QQ mekanizmaları doğada var olmakla birlikte mekanizmanın anlaşılması sonucu bazı yapay yollar da denenmektedir. Özellikle klinikte antibiyotiklerin akıllıca kullanılmaması sonucu artan antibiyotik direncinin %70’lere vardığı ve QS mekanizmasının son zamanlarda fazlasıyla üzerinde durulan mikrobiyata ile ilişkisi göz önüne alındığında bu denemeler oldukça ümit vadetmektedir (6,13,14).

KAYNAKÇA

1.        Bassler B. TheSecret, sociallives of bacteria:ExclusiveinterviewwithBonnieBassler 2009. 22 Mayıs 2018 https://blog.ted.com/the_secret_soci/

2.        Papenfort K, BasslerB.L.(2016). Quorumsensingsignal-responsesystems in Gram-negativebacteria(?)

3.        Çepni E, Gürel F. Bitkilerden Elde Edilen Anti QuorumSensing Bileşikleri ve Yeni İlaç Geliştirmedeki Potansiyelleri. Türk Mikrobiyal Cem Dergisi 2011;41(4):131-138

4.        Avcı, M.K., 2008. Staphylococcusepidermidis ve Staphylococcusaureus’a ait quorumSensing Sinyal Moleküllerinin LactococcusLactis’inNisin Üretimi Üzerine Etkisi (QuorumSensing Cross-Talk Analizi). Y.L. Tezi.

5.        Saraçlı M.A. “QuorumSensing” mikroorganizmalar İletişim mi kuruyor?. Gülhane Tıp Dergisi 2006;48:244-250

6.        Hamidi S. Bazı Sentetik Kimyasal Maddelerin ve Doğal EkstraktlarınAntimikrobiyal ve Anti-QuorumSensing Aktivitelerinin Araştırılması. Yüksek Lisans Tezi, Trabzon; Karadeniz Teknik Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, 2015.

7.        LaSarre B, Federle MJ. Exploitingquorumsensingtoconfusebacterialpathogens. MicrobiolMolBiolRev. 2013;77:73–111.

8.        Karaboz İ, Sukatar A. Bakterilerde Sosyal Davranışlar (Bakterilerde İletişim Mekanizmaları). Orlab On-Line Mikrobiyoloji Dergisi 2004;05:23-42

9.        Açıkgöz E. QuorumQuenching. Elektronik Mikrobiyoloji Dergisi 2012;2:27-44

10.     Defoirdta, T. ,Boona, N. , Bossierb, P. , Verstraetea, W.(2004) Distruption of bacterialquorumsensing: an unexploredstrategytoflightinfections in aquaculture. Aquaculture240, 83,69-88.

11.     Hentzer, M. ,Riedel, K. , Rasmussen, T. B. , Heydorn, A. , Andersen, J. B. , Parsek, M. R. (2002) Inhibition of quorumsensing in Pseudomonasaeruginosabiofilmbacteriaby a halogenatedfuranonecompound. Microbiology, 198, 198-203.

12.     BauerW. D. ,Mathesius, U. , Teplitski, M. (2005) EukaryotesDealwithBacterialQuorumSensing. ASM News, 131 , 129-135.

13.     Vogt S.L,Peña-DíazJ,Finlay B.B. Chemicalcommunication in the gut: Effects of microbiota-generatedmetabolites on gastrointestinalbacterialpathogens.Anaerobe2015;34:106-115

14.     Fong J, Zhang C, Yang R, Boo ZZ, Tan SK, et al.(2018). Combination TherapyStrategy of QuorumQuenchingEnzymeandQuorumSensingInhibitor in SuppressingMultipleQuorumSensingPathways of P. aeruginosa.(?)

KAFKA 2017-2018

KAFESİN BİRİ BİR KUŞ ARAMAYA ÇIKTI

KAFKA

‘’Bastığın yerin iki ayağının kapladığından daha büyük olamayacağını anlamak ne büyük bir mutluluktur.’’

Hiç yaşadığımız evrendeki insanın küçüklüğü hakkında düşündünüz mü? Büyüklük kavramımızı aşan evrenlerden bahsediyorum. Oldukça küçük bir uzamını dolduran Samanyolu Galaksisi’nin ücra bir köşesinde yer alan Güneş Sistemi’nde Carl Sagan’ın ‘’soluk mavi nokta’’ olarak adlandırdığı milyarlarca insanın cirit attığı Dünya’da 55.6 kg’lık nahif bir bedene sıkıştırılmış karmaşık bir ruh! Kafka’nın kafese sıkıştırılmış ruhundan bahsediyorum ki onu anladığımızda -onun perspektifinden baktığımızda- bahsettiğimiz evren ancak bir alt evren olabilir. İşte insan öyle aciz, öyle küçük, küçücüktür.

‘’ Gülünç olan, bu dünya için koşumları takınman.’’

İlk yenilgisini 1883 yılının 3 Temmuz’unda Prag’da ana rahminden çıkarak tadacak olan Kafka, sonrasında ‘’Yaşam, daha başında kaybedilmiş bir savaştır.’’ diyecek ve bu yenilgisi tüm hayatına yayılacaktır. Kafka yeniktir,yenilgiyi kabullenmiştir, savaşçıya ait hiçbir zırhı üzerinde barındırmaz aynı zamanda savaşmayı anlamsız bulur ve şöyle der bir mektubunda: ‘’Bu sanki cehennemde tek bir kazanı devirmeye çalışmak gibi. İlk olarak girişim başarılı olmayacak ve ikincisi başarılı olsa bile insan yine de kazandan dökülecek olan kaynar sıvıyla yanarken cehennem tüm ihtişamıyla aynı kalacaktır.’’Kafka’nın yenilgilerini besleyen en önemli figür babasıydı kuşkusuz. Kafka’nın aksine babasıHermann Kafka, her ne kadar yazgısını değiştirmeyecekse de, bir savaşçının sahip olabileceği her türlü zırha sahipti. Ruhen ve bedenen sahip olduğu bu güç zaten zayıf olan Kafka’nın kendisini büsbütün aciz hissetmesine sebep olacaktı. Babası özellikle Kafka’ya karşı olan tutumunda korkunç psikolojik şiddete başvuruyordu, onun aksine annesiJulie sonsuz bir şefkate sahipti.Kafka’nın eserlerine de yansıtacağı bu çatışma, onun hayatı boyunca aradaki o boş zeminde yapayalnız hissettirecek ve bu boşlukta herkesten uzak, herkese yabancı olmasına temel oluşturacaktı.

Kafka ürkek, kitabi, uysal ve öz nefretle büyüdü. Bir yazar olmak istiyordu fakat babasının gözlemi altında bu konu tartışmaya bile açık değildi ve böylece kısacık ömründe kendisiyle alakasız bir büro ve sigorta şirketinde çalıştı.Hayatı Prag’ın kasvetli, boğuk havasıyla uyumlu olan Kafka daha sonra gırtlak veremine yakalandı ve onun en önemli sığınağı olan ölüm, 1924’te 41 yaşındayken onu bu kokuşmuş yaşam kafesinden kurtarıp koynuna aldı.

Kafka Okumak

‘’Bir kitap, içimizdeki donmuş denize inen balta gibi olmalı.’’

Kafka okumak yorucu bir deneyimdir; çoğu zaman kafanız karışır, kendinizi tanıdık olmayan bir evrende tanıdık olmayan olayların içinde aslında size epey yakın bir ruh yolculuğunda bulursunuz. Bu tanıdık olmakla olmamak arasındaki çatışma ve arada kalmışlığın ardı arkası kesilmez; kalabalığın ortasındaki devasa yalnızlık, gücü besleyen bireysel zayıflık, inancı körükleyeninkar, baba baskısıyla anne şefkati ve Kafka’nın eserlerinde olmazsa olmaz korku ve bu korkudan kopan bir tutam cesaret. Belirsizliğinhakim olduğubu karmaşada acı size daima eşlik eder. Kahramanınız otoriterlerin kurduğu düzendegöstermelik bir mahkemede yargılanma arifesindedir, neden yargılandığını bilmez ama suçluluk duygusu ruhunu kemirir durur, hikayenin sonunda düzene yenik düşer ve ölüme teslim olur. Bazı olaylar gerçekleşir ama bunun sebebi asla söylenmez, bundan dolayıdır ki Kafka’nın eserlerini okurken olayların seyrine başta anlam veremeyecek, durup Kafka’nın esintisine kulak vermeniz gerekecektir.Albert Camus’ın deyimiyle Kafka sizi insan düşüncesinin son sınırlarına getirecektir.

Otoriteler, yargılanmalar… Peki Kafka’nın Dava’sı neydi?                                                                                               Kafka rahatsızdır. Tüm bu düzmece sistem onun midesini bulandırır, yabancısı olduğu bu dünya yabancısı olduğu bir yığın insanla doludur ve bu dünyanın bir parçası olmak yerine sadece izler, izler ve anlatır. Evet, onun davası anlatmak. İnsanın çirkinleşmiş hatlarını, bürokrasinin kokuşmuş koridorlarını, düzenin mizansenliğini, bastığı beton parçasının toprağı ezişini… Kafka sizi özgerçeklikten yola çıkarıp hayalle gerçeğin sınırlarında dolaştırırken alaycı mizacıyla karanlığın içindeki ışığı da hatırlatmaktan geri kalmaz.Bu yüzdendir ki Kafka’nın eserleri yazılmış en dokunaklı ve yaşamının aksine tutarlı baltalarından biri olmuştur.

Kafka’yı Anlamak

‘’Tiksinti ve nefret dolu bir başı önüne eğmek.’’

Kafka’nın dünyası hoş değil, birçok açıdan kabusu andırıyor. Ama yine de çoğumuzun bir müddet de olsa hayatımızın karanlık dönemlerinde şakaklarımızdaki zonklamayı hissettiğimiz bir yer. Otoritenin karşısında güçsüz hissettiğimizde onun tanımladığı dünyanın bir parçasıyız; yargıçlar, aristokratlar, siyasetçiler ve özellikle babalar. Kaderimiz kontrolümüzün dışında olduğunda; toplum-özellikle yakınlarımız- tarafından aşağılandığımız ve alay edildiğimiz vücutlarımızdan, cinsel arzularımızdan utandığımızda ve kendimiz için eniyisinin ölüm olduğunu düşündüğümüzde Kafka’nın yörüngesindeyiz.Kalabalığın ortasında en yakınımıza dahi yabancılık duyduğumuzda; keyfi güçlerden usanıp öz tiksinçliğin, hiçliğin bizi dönüşüme zorladığı anlardahepimiz birer Gregor Samsa’yız. Kafka’yı anlamalıyız çünkü o bizden biri çünkü Kafka hepimizin üzgün, utanç,korku dolu bir parçası.

KAYNAKÇA

Franz Kafka,Dava, Türkiye İş Bankası Yayınları, 2016

Franz Kafka, Bir Köpeğin Araştırmaları, İASOS KİTAP Alter Yayıncılık,2016

Franz Kafka, Aforizmalar, Altıkırkbeş Yayınları, 2015

Gökhan Demir, Yaşam ve Efsane, Kafkaokur Dergisi 1. Sayı

Gökhan Demir, Ne Demiş Kafka?,Kafkaokur Dergisi 1. sayı

Zafer Altuğ, Zorbalığın Yarattığı Yazar-Franz Kafka